昨年放映された第25弾劇場版『名探偵コナン ハロウィンの花嫁』では、鍵を握る存在として描かれている警察学校組の5人。すでに、降谷以外の4人は、この世を去っていて、謎の多い存在だったが、『名探偵コナン ハロウィンの花嫁』では、今まで明かされてこなかった5人の絆が描かれた。第5弾となる「CASE.降谷零」では、いよいよ5人が、警察学校の卒業式を迎える。
＜あらすじ＞
部屋で身支度を整えていた降谷零のもとに、出かけるという諸伏景光がやってくる。2人が話していると松田陣平も合流し、そのままコンビニに出かけることになった。大切な式の前だというのに、のんびりと過ごす3人を萩原研二と伊達航は呆れ顔で出迎える。降谷、松田、萩原、伊達、諸伏が過ごした警視庁警察学校の初任科課程は今日、多くの想い出とともに卒業式を迎えた。
一方、警察学校の前に停められた車・RX-7を触る女性と、その友人の姿があった。それを見かけ思わず怒鳴りつけてしまう松田。5人が遭遇したある事件で負ったキズを直したばかりだったため、触られまたキズを付けられるのではとイラつく松田を、萩原がなだめ門の中へ引っ張っていく。
式の十分前ということで伊達と諸伏が慌ててついていく中、降谷は女性たちに「警察官に興味があるなら卒業式を見学していくといい」と声をかける。――「誇りと使命感を持って、この国の人達を守り抜く決意があるのなら」5人はそれぞれの明日へと歩き出す。
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