とある一家に2人組の覆面強盗が押し入り、主人が殺害されるという事件が発生。事件の日は夫婦そろって旅行に出かける予定だったのだが、夫が発熱したため急きょキャンセルしたそう。そのせいで犯人と鉢合わせしてしまい、主人の上に犯人が勢いよく飛び乗ったことで主人は窒息死してしまった。
榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは遺留品の鑑定のほか、認証技術を駆使して容疑者の追跡を開始。すると犯人の顔が判明、さらに2年前に起きた未解決の“警察官かたり詐欺事件”の容疑者だということが浮かび上がって来た。
しかし、犯人を追い詰めたところで、なんと爆破自殺。だが、持っていた爆発物はスマホを介して爆発させることができるとわかり、指示役となる人物が実行したと睨む科捜研メンバー。さらに土門薫（内藤剛志）は「指示役の狙いは本当に金だったのか？」と、指示役に別の目的があったことを疑いはじめる。果たして、その真相とは……？
今シーズンについて、沢口が「昨年は科学者同士の対決というハードな内容をお楽しみいただきましたが、今シーズンでは“あたたかみ”のあるテイストでお届けしていきます」と述べていた通り、明るい雰囲気が戻ってきた今作に、SNS上では「明るい科捜研が帰って来た感じ」「コメディ調うれしい」「マリコに振り回されるメンバーがかわいい！」とのコメントが上がった。
次回、第2話は8月23日に放送。香道“宝居流”の家元・宝居茅子（浅野ゆう子）の孫娘で大学生の麗華（中尾百合音）が誘拐され、5億円を用意しろという脅迫メールが届く。
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